Le RMQS au service de l'écologie microbienne des sols français

Résumé : L'écologie microbienne des sols a longtemps été reconnue comme souffrant d'un certain manque de généricité car les études ont souvent été menées à l'échelle de parcelles voire de petits territoires et avec peu de sites investigués. Il en résulte un manque de connaissances sur les processus de distribution des populations et de la régulation de la diversité microbienne à grande échelle face à des modifications environnementales dues aux usages des terres ou au changement climatique. Dans les années 2000, le RMQS, avec 2 240 sites échantillonnés sur toute la France, a représenté une opportunité unique pour étudier les micro-organismes du sol sur de grandes échelles spatiales et ainsi développer un nouveau domaine scientifique : la biogéographie microbienne. Presque 20 ans après, cet article fait le bilan des connaissances qui ont été obtenues par l'application d'outils modernes de biologie moléculaire sur les sols du RMQS pour analyser l'abondance et la diversité des communautés microbiennes à l'échelle de la France. En plus des avancées fondamentales, ce bilan inclut les avancées finalisées qui ont permis de développer et de valider de nouveaux indicateurs microbiens de la qualité des sols et qui sont aujourd'hui directement opérables par les usagers du sol.